GMS มีวัตถุประสงค์เพื่อส่งเสริมให้เกิดการขยายตัวทางการค้า การลงทุนอุตสาหกรรม การเกษตร และบริการ  สนับสนุนการจ้างงานและยกระดับความเป็นอยู่ของประชาชนในพื้นที่ให้ดีขึ้น ส่งเสริมและพัฒนาความร่วมมือทางเทคโนโลยีและการศึกษาระหว่างกัน ตลอดจนการใช้ทรัพยากรธรรมชาติที่ส่งเสริมกันอย่างมีประสิทธิภาพ ส่งเสริมและเพิ่มขีดความสามารถรวมทั้งโอกาสทางเศรษฐกิจในเวทีการค้าโลก โดยมีสาขาความร่วมมือจำนวน 9 สาขา ได้แก่

1.สาขาคมนาคมขนส่ง มีการกำหนดแนวพื้นที่เศรษฐกิจ 3 แนว เพื่อพัฒนาการคมนาคมขนส่งรองรับการขยายตัวทางเศรษฐกิจ การค้าและการท่องเที่ยว คือ
                        1. แผนงานพัฒนาแนวพื้นที่เศรษฐกิจตะวันออก-ตะวันตก ( East-West Economic Corridor)  เชื่อมโยงทะเลจีนใต้ (มหาสมุทรแปซิฟิก) กับทะเล อันดามัน (มหาสมุทรอินเดีย) จากเมาะลำไย – เมียวดี (พม่า) – แม่สอด – พิษณุโลก – มุกดาหาร (ไทย) – สะหวันนะเขต – แดนสะหวัน (สปป. ลาว) – ลาวบาว – เว้ –ดองฮา - ดานัง (เวียดนาม)
                         2.  แผนงานพัฒนาแนวพื้นที่เศรษฐกิจตอนใต้ ( Southern Economic Corridor)   เชื่อมประเทศลุ่มน้ำโขงกับประเทศในภูมิภาคเอเชียใต้ โดยผ่านท่าเรือฝั่งตะวันตกของพม่าและไทย  มี 3 เส้นทาง คือ (1) กรุงเทพฯ – พนมเปญ (กัมพูชา) – โฮจิมินห์ซิตี้ – วังเตา (เวียดนาม) (2) กรุงเทพฯ – เสียมราฐ – สตรึงเตร็ง – รัตนคีรี (กัมพูชา) – ก๋วงนัง (เวียดนาม) และ (3) กรุงเทพฯ – ตราด (ไทย) – เกาะกง – สะแรอัมเปิล (กัมพูชา) – ฮาเตียน – ก่าเมา – นามคาน (เวียดนาม)
                         3.แผนงานพัฒนาแนวพื้นที่เศรษฐกิจเหนือ-ใต้ ( North-South Economic Corridor) ปรับปรุงเส้นทางคมนาคมจากมณฑลยูนนานมาจรดกรุงเทพมหานคร

2.สาขาสื่อสารโทรคมนาคม   การพัฒนาโครงข่ายโทรคมนาคมด้านตะวันออก (East Loop) ได้แก่เส้นทางกรุงเทพฯ-เวียงจันทน์-วินห์-โฮจิมินห์ ซิตี้-พนมเปญ-กรุงเทพฯ แล้วเสร็จและเปิดให้บริการแล้ว การดำเนินงานในส่วนของไทยได้สร้างเครือข่ายโทรคมนาคมเชื่อมโยงตามแนวหลักจนถึงชายแดนไทย/ประเทศเพื่อนบ้านแล้วเสร็จ ในระยะต่อไปจึงควรผลักดันการดำเนินการเชื่อมโยงโครงข่ายต่อเนื่องจากไทยไปยังประเทศเพื่อนบ้าน ซึ่งปัจจุบัน ADB ให้ความช่วยเหลือประเทศเพื่อนบ้านในการศึกษาความเหมาะสมในการเชื่อมโยงโครงข่าย เพื่อให้การก่อสร้างโครงข่ายด้านตะวันตก (West Loop) และด้านเหนือ (North Loop) ครบเต็มระบบ ตลอดจนส่งเสริมการให้ความช่วยเหลือพัฒนาขีดความสามารถบุคลากรและองค์กร ปรับปรุงกฎระเบียบด้านโทรคมนาคมสู่เสรี และให้เอื้อต่อการลงทุนภาคเอกชน ในระหว่างการประชุม GMS Summit ครั้งที่ 2 มีการลงนาม MOU of the Planning and Construction of GMS Information Superhighway Network ซึ่งจะส่งเสริมยกระดับเทคโนโลยีให้เป็นระบบ roadband เพื่อเพิ่มศักยภาพการใช้ ICT ในเชิงพาณิชย์ในอนุภูมิภาคให้มากขึ้น

3.สาขาพลังงาน  เป็นเรื่องของการสนับสนุนการค้าพลังงานภายในภูมิภาค การอำนวยความสะดวกในการก่อสร้างสายส่งพลังงานเชื่อมโยงระบบพลังงานต่างๆในกลุ่มประเทศลุ่มแม่น้ำโขง และการสนับสนุนให้เกิดการลงทุนทางด้านพลังงานของภาคเอกชน โครงการที่สำคัญที่สุด คือ โครงการเขื่อนจิงหง และเขื่อนท่าซางเพื่อส่งพลังงานมาประเทศไทย

4. สาขาการอำนวยความสะดวกทางการค้า มีวัตถุประสงค์เพื่อลดอุปสรรคทางการค้าระหว่างประเทศในภูมิภาค สร้างบรรยากาศในการลงทุนให้นักลงทุนทั้งในและนอกภูมิภาค การลงทุนข้ามเขตแดนเพื่อเปิดโอกาสในการแข่งขันทางการค้าในเขตภูมิภาค โดยการเอื้ออำนวยให้มีการค้าและการลงทุนข้ามเขตแดน การให้ข้อมูลที่เกี่ยวกับการค้าและการลงทุน และการสนับสนุนการลงทุนขนาดเล็กและขนาดกลาง(SME)

5.สาขาการลงทุน  ปรับปรุงข้อมูล กฎระเบียบ และมาตรการเพื่ออำนวยความสะดวกการลงทุน รวมถึงการจัดตั้งเขตเศรษฐกิจพิเศษชายแดนแต่ละประเทศอย่างเป็นรูปธรรม

6.สาขาเกษตร  การดำเนินงานครอบคลุม 4 ด้าน ได้แก่ พืช ปศุสัตว์ ประมงและป่าไม้ ซึ่งมุ่งเน้นความร่วมมือเพื่อแลกเปลี่ยนองค์ความรู้ด้านเกษตรระหว่างประเทศสมาชิก เพื่อเพิ่มประสิทธิภาพกระบวนการผลิต ถ่ายทอดเทคโนโลยี ยกระดับความเป็นอยู่และขีดความสามารถของเกษตรกร ตลอดจนสนับสนุนการค้าการลงทุนภาคเอกชน

7.สาขาสิ่งแวดล้อม  เป็นการส่งเสริมการจัดกรอบยุทธศาสตร์สิ่งแวดล้อม การสร้างความเข้มแข็งของระบบข้อมูลสิ่งแวดล้อมในเขตภูมิภาคและการควบคุม การส่งเสริมประเทศลุ่มแม่น้ำโขงในการจัดตั้งสถาบันพัฒนาการจัดการทรัพยากรธรรมชาติสิ่งแวดล้อมที่มีประสิทธิภาพ การส่งเสริมความร่วมมือในวงกว้างอีกทั้งการมีส่วนร่วมโดยถือเอาชุมชนเป็นที่ตั้งในการร่วมกันตัดสินใจเกี่ยวกับการบริโภคที่ยั่งยืนและพัฒนาทรัพยากรธรรมชาติ และการส่งเสริมให้มีนโยบาย ยุทธศาสตร์ และโครงการต่อเนื่องเพื่อใช้ในการแก้ไขปัญหาความเสื่อมโทรมที่รุนแรงของแหล่งต้นน้ำและป่า

8.สาขาการท่องเที่ยว   ดำเนินแผนการตลาด “ Six Countries One Destination “ ในการพัฒนาแหล่งท่องเที่ยวร่วมกันและสนับสนุนภาคเอกชนเปิดธุรกิจท่องเที่ยวเชื่อมโยงระหว่าง 6 ประเทศ ในรูป Package Tour ส่งเสริมการมีส่วนร่วมของประเทศ GMS ในการดำเนินงานศูนย์ประสานงานด้านการท่องเที่ยวของอนุภูมิภาคลุ่มแม่น้ำโขง ซึ่งปัจจุบันตั้งอยู่ที่กระทรวงการท่องเที่ยวและกีฬาท่องเที่ยวแห่งประเทศไทย และไทยมีบทบาท หลักในการให้ความช่วยเหลือทางวิชาการและดำเนินแผนการตลาด พร้อมทั้งประชาสัมพันธ์ดึงดูดนักลงทุนเพื่อสนับสนุนการท่องเที่ยวในอนุภูมิภาค

9.สาขาการพัฒนาทรัพยากรมนุษย์   ดำเนินโครงการ Phnom Penh Plan เพื่อฝึกอบรมผู้บริหารระดับกลางและระดับสูงของประเทศ GMS โดยใช้เครือข่ายสถาบันการศึกษาของอนุภูมิภาค เช่น สถาบันลุ่มแม่น้ำโขง และ AIT ของไทย และจัดตั้ง Task Force เพื่อดำเนินงานการพัฒนาความร่วมมือ 3 ด้าน คือ แรงงาน สาธารณสุข และการศึกษาโดยมุ่งเน้นความร่วมมือในการเฝ้าระวังโรคติดต่อ (Communicable Diseases Control) อันเกิดจากการเปิดพรมแดน การใช้ประโยชน์จากระบบเทคโนโลยีสารสนเทศในการศึกษา และการสร้างระบบข้อมูลตลาดแรงงานและการบริหารจัดการแรงงานข้ามพรมแดน ตลอดจนเน้นการดำเนินโครงการพัฒนาชุมชนเพื่อยกระดับความเป็นอยู่และแก้ปัญหาความยากจน บทบาทของไทยในเรื่องนี้ค่อนข้างชัดเจนและต่อเนื่องโดยไทยให้ความช่วยเหลือประเทศเพื่อนบ้านในลักษณะทวิภาคีทั้งที่ผ่านกรมวิเทศสหการ และทั้งที่ทำโดยตรงกับหน่วยงานปฏิบัติเองใน 9 สาขา โดยครอบคลุมเรื่องของการฝึกอบรม การแลกเปลี่ยนนักวิชาการการวิจัยพัฒนาร่วม การดูงาน และการช่วยสร้างและสนับสนุนโครงสร้างพื้นฐานที่ช่วยพัฒนาด้านทรัพยากรมนุษย์ เช่น ศูนย์ฝึกฝีมือแรงงาน โรงพยาบาล โรงเรียน ตลอดจนในปัจจุบันรัฐบาลได้สนับสนุนการเพิ่มขีดความสามารถการดำเนินงานของสถาบันลุ่มแม่น้ำโขง (Mekong Institute) และสถาบันการศึกษาและฝึกอบรมอื่นๆ ของไทยให้มีบทบาทเชื่อมโยงกับประเทศเพื่อนบ้านในลักษณะเครือข่ายการศึกษา อบรมและวิจัยในอนุภูมิภาค