สกส. ประกอบด้วย 7 ฝ่ายงาน คือ

ฝ่ายวางแผนและพัฒนา
                มีหน้าที่กำหนดกลยุทธ์ของส่วนงาน จัดทำแผนงานและงบประมาณประจำปีให้สอดคล้องกับกลยุทธ์และเป้าหมายหลักของ ธปท. จัดทำแผนการตรวจสอบสถาบันการเงิน พัฒนาแนวทางในการกำกับ วิเคราะห์ และตรวจสอบสถาบันการเงิน ตลอดจนพัฒนาความรู้ความสามารถของผู้ตรวจสอบให้เป็นที่ยอมรับ

ฝ่ายกำกับสถาบันการเงิน
                มีหน้าที่กำกับดูแลและพิจารณาคำขออนุญาตต่าง ๆ ตลอดจนหนังสือหารือของสถาบันการเงินและกลุ่มธุรกิจทางการเงิน บริษัทบริหารสินทรัพย์ และ Non-bank รวมทั้งติดตามดูแลการประกอบธุรกิจของสถาบันการเงินดังกล่าวให้อยู่ในขอบเขตของกฎหมาย และหลักเกณฑ์ของทางการ นอกจากนี้ ยังมีหน้าที่พิจารณาคำขอใบอนุญาตประกอบธุรกิจธนาคารพาณิชย์ บริษัทบริหารสินทรัพย์ และ Non-bank รายใหม่ ด้วย

ฝ่ายตรวจสอบความเสี่ยงและเทคโนโลยีสารสนเทศ
                มีหน้าที่กำกับตรวจสอบการบริหารความเสี่ยงของสถาบันการเงิน ทำการประเมินเครื่องมือที่สถาบันการเงินใช้ในการบริหารจัดการความเสี่ยง โดยเฉพาะเครื่องมือที่มีความซับซ้อน ตลอดจนพัฒนาแนวทางการกำกับตรวจสอบแบบความเสี่ยงให้เป็นไปตามมาตรฐานสากล นอกจากนี้ ยังมีหน้าที่กำกับตรวจสอบ วิเคราะห์และติดตามการดำเนินงานและการบริหารความเสี่ยงด้านเทคโนโลยีสารสนเทศของสถาบันการเงินอีกด้วย

ฝ่ายวิเคราะห์และติดตามฐานะ
                มีหน้าที่วิเคราะห์ฐานะ และติดตามฐานะการดำเนินงานของสถาบันการเงินเป็นรายสถาบัน เสนอแนะแนวทางดำเนินการกับสถาบันการเงินที่อยู่ระหว่างแก้ไขปัญหาฐานะการดำเนินงาน พิจารณาและดำเนินการประสานงานเรื่องร้องเรียนที่มีต่อสถาบันการเงิน รวมทั้งวิเคราะห์ ติดตามฐานะการดำเนินงานของบริษัทบริหารสินทรัพย์และผู้ประกอบธุรกิจบัตรเครดิตในภาพรวม

ฝ่ายตรวจสอบ 1 และฝ่ายตรวจสอบ 2
                มีหน้าที่ตรวจสอบการบริหารความเสี่ยง และฐานะการดำเนินงานของสถาบันการเงินที่อยู่ในความรับผิดชอบ ให้เป็นไปตามกฎเกณฑ์ที่ทางการกำหนดไว้ หรือเพื่อสนับสนุนข้อมูลแก่ส่วนงานอื่น รวมถึงติดตามและตรวจสอบการประกอบธุรกิจสถาบันการเงินโดยไม่ได้รับอนุญาตและธุรกิจการเงินนอกระบบ

ฝ่ายตรวจสอบสถาบันเฉพาะกิจและ Non-bank
                มีหน้าที่ตรวจสอบการดำเนินงานของสถาบันการเงินเฉพาะกิจตามที่กระทรวงการคลังมอบหมายให้ธนาคารแห่งประเทศไทยเป็นผู้ตรวจสอบแล้วรายงานผลการตรวจสอบให้รัฐมนตรีว่าการกระทรวงการคลังพิจารณาสั่งการไปยังสถาบันการเงินเฉพาะกิจ โดยกระทรวงการคลังเป็นผู้กำหนดนโยบายและหลักเกณฑ์การกำกับดูแลการดำเนินงาน รวมทั้งมีหน่วยงานทำหน้าที่ดำเนินการเกี่ยวกับเรื่องร้องเรียนการปฏิบัติงานของสถาบันการเงินเฉพาะกิจโดยตรง นอกจากนี้ ยังมีหน้าที่ตรวจสอบบริษัทบริหารสินทรัพย์ และ Non-bank รวมทั้งดำเนินการตามกฎหมายกับ Non-bank ที่ไม่ได้รับอนุญาต และให้ความรู้ความเข้าใจในการใช้บริการทางการเงินแก่ประชาชน