การลงทุนในตราสารหนี้ภาครัฐมีความเสี่ยง ดังนี้

1. ความเสี่ยงของการเปลี่ยนแปลงราคาที่เกิดจากการเปลี่ยนแปลงของอัตราดอกเบี้ยในตลาด (Interest Rate Risk หรือ Price Risk หรือ Market Risk)

เนื่องจากราคาของตราสารหนี้จะเปลี่ยนแปลงในทิศทางตรงกันข้ามกับอัตราดอกเบี้ยในตลาด  ดังนั้น เมื่อนักลงทุนต้องการขายตราสารหนี้ก่อนครบกำหนด หากอัตราดอกเบี้ยในตลาดในขณะที่จะขาย สูงกว่าอัตราดอกเบี้ยของตราสารหนี้ที่ถืออยู่ นักลงทุนอาจจะต้องยอมขายในราคาที่ต่ำกว่าราคาตรา

2. ความเสี่ยงจากการผิดนัดชำระหนี้หรือไม่สามารถชำระหนี้เมื่อครบกำหนดไถ่ถอน (Credit Risk หรือ Default Risk)

เป็นความเสี่ยงที่เกิดขึ้นในกรณีที่ผู้ออกตราสารหนี้ผิดนัดชำระหรือไม่สามารถชำระหนี้ได้ ซึ่งรวมถึงความเสี่ยงจากการถูกลดความน่าเชื่อถือในระหว่างที่ตราสารหนี้ยังไม่ครบกำหนดไถ่ถอน ตราสารหนี้ภาครัฐถือได้ว่าเป็นตราสารหนี้ที่มีความเสี่ยงชนิดนี้ต่ำมาก ดังนั้นอัตราผลตอบแทนที่ได้รับจึงมักต่ำกว่าตราสารหนี้ภาคเอกชน

3. ความเสี่ยงจากการขาดสภาพคล่อง (Liquidity Risk) 

คือ ความเสี่ยงจากการขาดสภาพคล่องของการซื้อขายตราสารหนี้ ทำให้ไม่สามารถซื้อขายตราสารหนี้ในจังหวะเวลาและราคาที่เหมาะสมได้ หรือหากต้องการจะซื้อขายจริงอาจจะต้องมีการเพิ่มหรือลดราคา เพื่อดึงดูดให้มีการตกลงซื้อขายเกิดขึ้น แต่ถ้าผู้ลงทุนถือตราสารหนี้ไปจนถึงวันครบกำหนดไถ่ถอนก็จะไม่มีความเสี่ยงชนิดนี้เกิดขึ้น

4. ความเสี่ยงจากภาวะเงินเฟ้อ (Inflation Risk)

คือ ความเสี่ยงอันเนื่องมาจากการลดลงของอำนาจซื้อ โดยปกติอัตราดอกเบี้ยส่วนใหญ่มีการกำหนดเอาไว้คงที่ ซึ่งผลของเงินเฟ้อจะลดค่าของเงินลงทั้งดอกเบี้ยที่ได้รับในแต่ละงวดและเงินต้นที่จะได้รับคืนในงวดสุดท้าย