ความเสี่ยงในระบบการชำระเงิน หมายถึง โอกาสที่การชำระเงินไม่ สำเร็จเสร็จสิ้น ผลกระทบอาจวัดมูลค่าเป็นความเสียหายของคู่กรณีหรือกระทบความเชื่อมั่นต่อระบบการชำระเงิน เช่น กรณีชำระผิดพลาดหรือล่าช้า จะมีค่าใช้จ่ายในการโอนเงินกลับหรือเรียกเงินคืน เกิดค่าใช้จ่ายดอกเบี้ย และอื่น ๆ (Replacement cost) กรณีไม่ได้รับชำระหรือได้รับชำระไม่ครบก็เกิดส่วนที่ขาด (Principal loss) และในบางกรณีที่มูลค่าสูงหรือเกี่ยวข้องกับคนจำนวนมาก ก็อาจกระทบถึงความมั่นคงของสถาบันการเงินหนึ่ง ต่อเนื่องเป็นลูกโซ่ถึงรายอื่น ๆ และเสถียรภาพของระบบการเงิน (Systemic risk) ในที่สุด

ความเสี่ยงดังกล่าวมักมีอยู่ในระบบที่ผลการชำระเงินไม่เสร็จสิ้นในทันที ได้แก่ระบบที่เป็น net settlement และยิ่งเวลาชำระดุลห่างจากเวลาที่สั่งชำระเท่าไร โอกาสเกิดความเสี่ยง ก็ยิ่งสูง นอกจากนี้ ยังขึ้นกับปริมาณและมูลค่าธุรกรรมและมาตรการประกันความเสี่ยงในระบบด้วย