ธนาคารแห่งประเทศไทยได้จัดตั้งศูนย์หักบัญชีอิเล็กทรอนิกส์เพื่อให้บริการการหักบัญชีเช็คระหว่างธนาคารด้วยอิเล็กทรอนิกส์แก่ธนาคารสมาชิกในเขตกรุงเทพมหานครและปริมณฑล รวมถึงบริการคำนวณดุลหักบัญชีและการชำระดุลระหว่างธนาคาร
การหักบัญชีเช็คด้วยวิธีอิเล็กทรอนิกส์ (ECS) เป็นบริการการหักบัญชีเช็คในเขตกรุงเทพมหานครและปริมณฑลนั้น ธนาคารสมาชิกจะส่งข้อมูลเช็คเรียกเก็บให้แก่ศูนย์หักบัญชีอิเล็กทรอนิกส์แบบ on-line และศูนย์หักบัญชีฯ จะทำการคำนวณดุล ในเย็นวันเดียวกัน ธนาคารสมาชิกจะส่งตัวเช็คมายังศูนย์หักบัญชีฯ เพื่อทำการตรวจสอบกับข้อมูลเช็คเรียกเก็บและคัดแยกเพื่อส่งให้แก่ธนาคารผู้จ่ายเงินเพื่อตรวจสอบความถูกต้องต่อไป
การเรียกเก็บเงินตามเช็คภายในเขตสำนักหักบัญชี เป็นการหักบัญชีเช็คระหว่างธนาคารในภูมิภาคที่อยู่ในเขตพื้นที่สำนักหักบัญชีเดียวกัน เพื่อให้การเรียกเก็บเงินตามเช็คที่ส่งเรียกเก็บหรือสั่งจ่ายโดยสาขาธนาคารที่อยู่นอกเขตกรุงเทพมหานครและปริมณฑลมีความรวดเร็ว เพิ่มประสิทธิภาพ ลดต้นทุนและความเสี่ยงในการชำระเงินด้วยเช็ค รวมทั้งอำนวยความสะดวกในการบริหารเงินของธนาคารสมาชิกอันเกิดจากการได้หรือเสียดุลหักบัญชีสุทธิ ธนาคารแห่งประเทศไทยได้ดำเนินการพัฒนาระบบการเรียกเก็บเงินตามเช็คภายในเขตสำนักหักบัญชีเดียวกัน ด้วยการนำระบบงานคอมพิวเตอร์มาใช้ และปรับปรุงวิธีการชำระดุลหักบัญชีระหว่างธนาคารจากเดิมเป็นการชำระดุลแบบรวมศูนย์ที่ส่วนกลางผ่านระบบบาทเนต โดยเริ่มดำเนินการมาตั้งแต่เดือนกันยายน 2540 และดำเนินการแล้วเสร็จในปี 2542
การเรียกเก็บเงินตามเช็คข้ามเขตสำนักหักบัญชี (B/C) เป็นการเรียกเก็บเงินตามเช็คที่สั่งจ่ายในต่างเขตสำนักหักบัญชี ซึ่งในปัจจุบัน ธนาคารผู้เรียกเก็บสามารถดำเนินการได้ 2 วิธี คือวิธีแรก คือ เรียกเก็บปลายทางผ่านสำนักหักบัญชีจังหวัด ธนาคารผู้รับฝากเช็คจะส่งเช็คให้สาขาธนาคารตนที่อยู่ในเขตสำนักหักบัญชีเดียวกับที่สาขาธนาคารผู้จ่ายตั้งอยู่เป็นผู้เรียกเก็บซึ่งจะทราบผลภายใน 5 วันทำการ นับถัดจากวันรับฝากเช็คจากลูกค้า วิธีที่สอง เรียกเก็บต้นทางผ่านสำนักงานใหญ่จองธนาคารผู้รับฝากที่กรุงเทพฯ ซึ่งสามารถเรียกเก็บเงินตามเช็คได้ทุกสาขาธนาคารผู้จ่ายทั่วประเทศได้ใน 3 วันทำการ นับตั้งแต่วันแลกเปลี่ยนเช็คระหว่างธนาคาร
การชำระดุลการหักบัญชีเช็คนั้น ศูนย์หักบัญชีฯ จะทำการชำระดุลผ่านบัญชีเงินฝากของธนาคารสมาชิกที่ธนาคารแห่งประเทศไทย สำนักงานใหญ่ด้วยระบบบาทเนต