เนื่องจากระบบบาทเนตเป็นระบบที่เกี่ยวข้องกับการโอนเงินมูลค่าสูง ธปท. จึงได้กำหนดมาตรการรักษาความปลอดภัยที่รัดกุม โดยผู้ใช้บริการที่ส่งข้อความมายังระบบบาทเนตโดยผ่านช่องทาง S.W.I.F.T นั้นจะต้องมีกระบวนการรักษาความปลอดภัยตามมาตรฐานของ S.W.I.F.T ซึ่งเป็นมาตรฐานสากลที่ยอมรับกันทั่วโลก สำหรับผู้ใช้บริการบาทเนตซึ่งส่งข้อความมายังระบบบาทเนตโดยผ่านช่องทาง EFS จะมีระบบการรักษาความปลอดภัยโดยใช้เทคโนโลยี Digital Signature โดยผู้ส่งข้อความจะต้องมี Private Key ใน Smart Card ประจำตัวในการสร้าง Digital Signature กำกับในเอกสารอิเล็กทรอนิกส์ที่ส่งมายังระบบบาทเนต ด้วยเทคโนโลยีดังกล่าวทำให้ระบบบาทเนตสามารถรักษาความลับพร้อมทั้งป้องกันมิให้ผู้อื่นที่ไม่มีส่วนเกี่ยวข้องล่วงรู้ข้อมูลได้ สามารถยืนยันและพิสูจน์ตัวตนของผู้ส่งและผู้รับรายการ ผู้ส่งและผู้รับไม่สามารถปฏิเสธความรับผิดได้ และสามารถรับรองความถูกต้องครบถ้วนของข้อมูลที่ส่งผ่านระบบ รวมทั้งระบบบาทเนตยังมีการบันทึกข้อมูลที่รับ-ส่งในระบบอย่างต่อเนื่องเพื่อเก็บไว้เป็นหลักฐานด้วย

การโอนเงินในระบบบาทเนตเป็นการโอนเงินที่มีผลสมบูรณ์ทันที (Real Time Gross Settlement -RTGS) และเพิกถอนมิได้ซึ่งเป็นระบบที่ป้องกันความเสี่ยงในตัวเองอยู่แล้วโดยรายการที่ยังไม่สามารถชำระเงินได้ในขณะที่ส่งคำสั่งเข้ามาจะถูกจัดรอไว้ตามลำดับคำสั่งและจะดำเนินการเมื่อมีเงินในบัญชีเพียงพอสำหรับรายการที่ไม่สามารถชำระเงินได้จนถึงเวลาปิดคิวจะถูกยกเลิก ดังนั้นความเสี่ยงในระบบบาทเนตจึงมีน้อยกว่าระบบอื่น​

ธปท. ได้จัดสร้างศูนย์สำรองซึ่งห่างศูนย์บริการหลัก เป็นระยะทาง 50 กิโลเมตร โดยสำรองอุปกรณ์ Hardware และ Software ด้วยอุปกรณ์ชุดเดียวกับระบบงานจริง เพื่อให้ระบบสามารถให้บริการต่อได้โดยไม่หยุดชะงักเมื่อศูนย์บริการหลักขัดข้อง นอกจากนั้น ธปท. ได้จัดทำแผนฉุกเฉินเพื่อรองรับในกรณีที่ระบบบาทเนตขัดข้อง ทั้งในส่วนของ ธปท. และผู้ใช้บริการ ซึ่งมาตรการเหล่านี้ทำให้มั่นใจได้ว่าผู้ใช้บริการได้ใช้งานระบบที่มีความปลอดภัยสูงและได้รับบริการที่มีประสิทธิภาพ​