การประชุมผู้ว่าการของ SEACEN เริ่มจากการประชุมอย่างไม่เป็นทางการของผู้ว่าการในการประชุม SEA Voting Group ของ IMF เพื่อหารือเรื่องเกี่ยวกับเศรษฐกิจและการเงินที่เป็นที่สนใจระหว่างประเทศสมาชิกในขณะนั้น การประชุม SEACEN ครั้งแรกเกิดขึ้นระหว่างวันที่ 3-4 กุมภาพันธ์ พ.ศ.2509 (ค.ศ.1966) ที่ กรุงเทพฯ โดยเป็นการประชุมอย่างไม่เป็นทางการระหว่างผู้ว่าการธนาคาร 7 ประเทศใน SEA Voting Group ของ IMF (สปป. ลาว มาเลเซีย ฟิลิปปินส์ สิงคโปร์ ศรีลังกา เวียดนาม และไทย) นำโดย ดร.ป๋วย อึ๊งภากรณ์ ผู้ว่าการ ธปท. ในขณะนั้น ร่วมกับ ผู้ว่าการธนาคารกลางแห่งมาเลเซีย คือ Tun Ismail Bin Mohamed Ali, P.M.N. 

การประชุมผู้ว่าการครั้งที่ 2 ที่ประเทศฟิลิปปินส์ ในปี พ.ศ.2510 (ค.ศ.1967) ผู้ว่าการต่าง ๆ มีแนวคิดที่จะจัดตั้งศูนย์ฝึกอบรมขึ้น ณ กรุงกัวลาลัมเปอร์ ประเทศมาเลเซีย ต่อมาการประชุมผู้ว่าการครั้งที่ 7 ในปี พ.ศ.2515 (ค.ศ.1972) ที่ประชุมได้เห็นชอบให้มีการจัดตั้ง SEACEN Research and Training Centre อย่างไม่เป็นทางการขึ้น เพื่อรับผิดชอบเรื่องการฝึกอบรมบุคลากรของประเทศสมาชิก โดยใช้บุคลากรจากธนาคารกลางมาเลเซีย  ต่อมาในวันที่ 3 กุมภาพันธ์ พ.ศ.2525 (ค.ศ.1982) ได้จัดตั้งศูนย์ฝึกอบรมอย่างเป็นทางการ โดยลงนามจัดตั้งระหว่างการประชุมผู้ว่าการครั้งที่ 17 ที่ประเทศไทย